ガラパゴスは火山起原の群島であるから、すべての陸上生物は大陸または他の陸地から、海流、気流、または鳥によって運び込まれた生物の子孫である。群島は大陸から約一千キロ隔離されているので、島の上では独自の生物進化が進む。その結果、多くの固有種が進化し、固有種率は陸産節足動物 52 %、陸産貝類 96 %、陸産爬虫類 100 %、陸産哺乳類 89 %、種子植物 51 %に達している。

   固有種のうち良く知られているのは、ガラパゴスゾウガメ( 13 亜種)、リクイグアナ 2 種、ウミイグアナ、ガラパゴスペンギン、ガラパゴスコバネウ、ダーウィンフィンチ 13 種、キク科の木本植物スカレシア( 15 種)、サボテン科の 3 属 8 種などである。


ガラパゴスゾウガメ リクイグアナ ウミイグアナ ガラパゴスペンギン ガラパゴスコバネウ
ダーウィンフィンチ スカレシア
ペドゥンクラータ
(花)
スカレシア
ペドゥンクラータ
ガラパゴス
ヨウガンサボテン
ガラパゴス
ウチワサボテン

   生態学的には、ガラパゴスには三大生態系 - 陸上生態系、海辺生態系、海中生態系 - がある。

   陸上生態系は低地から高地へ向かって降水量の増加に対応した帯状構造がある。海の影響をうける沿岸帯から、乾燥低地帯、移行帯、湿潤高地帯を経て高地草原地帯に至る。エルニーニョ年には、三大生態系はそれぞれ特色ある挙動を示す。陸上生態系は多量の雨に恵まれて、植物はよく繁茂開花結実し、植物を餌とする昆虫や小鳥はよく繁殖し、小動物を餌とする肉食鳥類も繁栄する。一方、海辺では海水温が高くなるので、海藻が姿を消し、それを餌とするウミイグアナは飢餓に陥り繁殖できなくなる。また魚影が消えるので、それを餌とする海鳥やアシカやオットセイも繁殖できなくなり、死亡率があがる。ラニーニャ年には、ほぼ正反対の挙動が観察されている。